00397865
Univerzita Komenského v Bratislave
Šafárikovo nám. 6, Bratislava, 81499, SVK
35693487
Hermes LabSystems, s.r.o.
Púchovská 12, Bratislava, 831 06, SVK
Kit na prípravu NGS knižníc
kit, NGS knižnica, génový panel, genomický sekvenátor
Tovar, Služba
1. Kit na prípravu NGS knižníc
|
|
---|---|
Funkcia |
príprava vzoriek pre cielené resekvenovanie genomických oblastí 118 génov, ktorých patologické varianty sú asociované s geneticky determinovanými formami poruchy sluchu |
Kit na prípravu NGS knižníc využívajúci cielené obohatenie cieľových úsekov vychytávaním oligonuklotidovými próbami – 3 sady |
Kit na prípravu NGS knižníc - G9681A SureSelectQXT Reagent Kit, 16 samples- kit umožní prípravu NGS knižníc zo vzoriek DNA získaných izoláciou z krvi- kit bude fungovať na princípe enzymatickej fragmentácie vzoriek analyzovaných DNA |
- kit bude preukázateľne schopný zabezpečiť prípravu NGS knižnice zo vstupného množstva DNA od 50 ng- čas prípravy knižnice od izolovanej DNA do kvalitatívne a kvantitatívne overenej NGS knižnice vhodnej na nanesenie do sekvenačnej kartridže menej ako 12 hodín- kit umožní spájanie jednotlivých vzoriek / multiplexnú analýzu minimálne 1-24 vzoriek v rámci jedného NGS behu |
kit / súprava kitov bude postačovať na predprípravu vzoriek pre prípravu sekvenačných knižníc minimálne 48 DNA vzoriek- pripravené knižnice budú následne vhodné pre sekvenovanie na Illumina NGS sekvenátoroch (MiSeq)- vyžaduje sa štandardným protokolom podložená kompatibilita s „Kitom na cielené obohatenie cieľových úsekov“ |
Kit na cielené obohatenie cieľových úsekov 03 5190-4816 SureSelectXT Custom 0.5-2.9Mb library, 16 samples- kit bude obsahovať zadávateľom definovaný set prób / vlastný panel génov pokrývajúci viac ako 499 kbp a menej ako 2,99 Mbp cieľových genomických oblastí, - kit bude umožňovať pokrytie cieľových oblastí dizajnu minimálne 3 rozdielnymi vychytávacími próbami |
- kit bude umožňovať definovanie rôznej úrovne stringencie návrhu vychytávacích prób s ohľadom na výskyt repetícií v cieľových genomických oblastiach pre zabezpečenie maximalizácie ich kompletného pokrytia- kit bude umožňovať výber dizajnu s minimalizáciou dopadu prítomnosti GC- bohatých úsekov v cieľovej oblasti, ktorá má byť NG sekvenovaním pokrytá |
knižnice budú vhodné pre sekvenovanie na Illumina NGS sekvenátoroch (MiSeq)- možnosť objednať kit v škále pre rutinné analýzy (16-vzoriek / kit) aj v škále umožňujúcej prípravu malých sérií vzoriek, do 20 vzoriek, pre potrebu optimalizácie zadávateľom definovaného génového panelu- kit / súprava kitov bude postačovať na finálnu prípravu sekvenačných knižníc minimálne 48 DNA vzoriek |
- kit umožní selektívne obohatenie vychytávacími próbami pre kódujúce oblasti 118 génov podľa zoznamu priloženého k špecifikácii, pričom okrem exónových oblastí budú zachytené vychytávacími próbami aj 5´-UTR, 3´-UTR úseky a oblasti 25 báz pred a za exónmi, pričom bude dosiahnuté minimálne 99% pokrytie cieľových oblastí uvedených génov sumárne a jednotlivo nesmie pokrytie cieľových sekvencií klesnúť pod 90%- kit bude preukázateľne schopný zabezpečiť prípravu NGS knižnice zo vstupného množstva DNA od 50 ng |
- kit umožní selektívne obohatenie vychytávacími próbami pre kódujúce oblasti 118 génov podľa zoznamu priloženého k špecifikácii (Príloha č.1), pričom okrem exónových oblastí budú zachytené vychytávacími próbami aj 5´-UTR, 3´-UTR úseky a oblasti 25 báz pred a za exónmi, pričom bude dosiahnuté minimálne 99% pokrytie cieľových oblastí uvedených génov sumárne a jednotlivo nesmie pokrytie cieľových sekvencií klesnúť pod 90% |
kit / súprava kitov bude postačovať na predprípravu vzoriek pre prípravu sekvenačných knižníc minimálne 48 DNA vzoriek- kit bude umožňovať pokrytie cieľových oblastí dizajnu minimálne 3 rozdielnymi vychytávacími próbami- pripravené NGS knižnice budú vhodné pre sekvenovanie na Illumina NGS sekvenátoroch (MiSeq) |
Príloha č.1 03 5190-4816 SureSelectXT Custom 0.5-2.9Mb library. Gény 1-30:1 ADCY1; 2 WFS1; 3 STRC; 4 MT-RNR1; 5 ILDR1; 6 ACTG1; 7 ATP2B2; 8 DSPP; 9 CIB2; 10 MTO1; 11 CDH23; 12 COCH; 13 CLRN1; 14 GTPBP3; 15 MYO6 |
16 MYO3A; 17 TMIE; 18 LRTOMT; 19 SIX5; 20 MYH9; 21 GRHL2; 22 TIMM8A; 23 PTPRQ; 24 LHFPL5; 25 CATSPER2; 26 SIX1; 27 CLPP; 28 SMPX; 29 TFB1M; 30 PRPS1; |
Gény 31-60: 31 DIAPH1; 32 PNPT1; 33 DIAPH3; 34 GIPC3; 35 KARS; 36 MIR182; 37 MYO15A; 38 MIR183; 39 HARS2; 40 DIABLO; 41 TECTA; 42 MYO1A; 43 GRXCR2; 44 ESRRB; 45 GRXCR1; |
46 ALMS1; 47 PCDH15; 48 HGF; 49 HOMER1; 50 OTOGL; 51 TBC1D24; 52 SYNE4; 53 PDZD7; 54 MT-TS1; 55 LOXHD1; 56 EPS8; 57 P2RX2; 58 MYH14; 59 FOXI1; 60 CACNA1D; |
Gény 61-90: 61 CRYM; 62 TPRN; 63 USH1G; 64 MYO7A; 65 KCNJ10; 66 DFNB31; 67 CRYL1; 68 KCNQ4; 69 CEACAM16; 70 POU4F3; 71 COL11A2; 72 COL11A1; 73 KCNQ1; 74 USH2A; 75 AIFM1; |
76 GPR98; 77 SLC26A4; 78 CCDC50; 79 EYA4; 80 BSND; 81 EYA1; 82 SLC26A5; 83 SERPINB6; 84 CLIC5; 85 OTOF; 86 OTOG; 87 USH1C; 88 OTOA; 89 TRIOBP; 90 TSPEAR; |
Gény 91-118: 91 CABP2; 92 TNC; 93 BDP1; 94 COL2A1; 95 RDX; 96 CLDN14; 97 ESPN; 98 COL9A1; 99 ELMOD3; 100 COL9A2; 101 MARVELD2; 102 POU3F4; 103 KCNE1; 104 GPSM2; 105 DFNB59; |
106 HSD17B4; 107 DFNA5; 108 TRMU; 109 GJB3; 110 TMC1; 111 LARS2; 112 GJB6; 113 TMPRSS3; 114 MSRB3; 115 GJB2; 116 SLC17A8; 117 MIR96; 118 TJP2; |
Názov |
Vrátane dopravy na miesto plnenia |
Vyžaduje sa štandardným protokolom podložená kompatibilita celého systému |
Dodávateľ kitu dodá spolu s kitom analyzačné podklady (záznam z protokolu preukazujúcim funkčnosť zadávateľom definovaného dizajnu s ohľadom na úspešnú prípravu NGS knižnice, informácia z dizajnu o pokrytí / nepokrytí cieľových sekvencií, súbor formátu „bed“ pre následnú softvérovú na analýzu dát) |
Dodávateľ kitu dodá zadávateľovi softvér umožňujúci import informácií potrebných k analýze NGS dát, analýzu získaných dát ako kvalitatívneho tak aj kvantitatívneho pohľadu (detekcia variant typu SNP, CNV, LOH, InDel) a anotáciu výsledkov identifikácie variant s využitím minimálne verejne dostupných databáz COSMIC a ClinVar. |
Vyžaduje sa štandardným protokolom podložená kompatibilita s „Kitom na prípravu NGS knižníc“. |
Fakturačné údaje budú poskytnuté víťaznému uchádzačovi v spojitosti s miestom dodania |
Fakturácia v slovenskom jazyku (prílohou je dodací list) |
Splatnosť faktúry je 30 dní od jej predloženia a odsúhlasenia verejným obstarávateľom |
Lekárska fakulta Univerzity Komenského v Bratislave Špitálska 24, 813 72 Bratislava 4 Ústav molekulárnej biomedicíny, Bratislava, Bratislava, Bratislavský, Slovenská republika
07.11.2016 09:00 — 30.11.2016 14:00
1,00 Kompletný predmet zákazky
24 500,00
Názov | Merná jednotka | Výhodnejšia hodnota | Váha |
---|---|---|---|
Cena bez DPH | € | Menšia | 100 |
27.10.2016 12:24
02.11.2016 09:00
02.11.2016 09:15
20 min.
2 min.
Dátum predloženia | Hodnota | MJ | Kritérium |
---|---|---|---|
28.10.2016 14:34 - Vstupná ponuka | 24 500,00 | € | Cena bez DPH |
28.10.2016 14:34 - Najvýhodnejšia ponuka | 24 500,00 | € | Cena bez DPH |
Vážený používateľ,
v súvislosti s povinnosťou elektronizácie verejného obstarávania od 18.10.2018 a zároveň s cieľom vylepšenia používateľského komfortu sme pre vás pripravili novú verziu systému EKS, ktorá so sebou prináša: