00397865
Univerzita Komenského v Bratislave
Šafárikovo nám. 6, Bratislava, 81499, SVK
36030848
DYNEX Servis spol. s r.o.
Nové Kalište 17, Banská Bystrica, 97404, SVK
Softvéry na analýzu NGS dát
softvér, analýza, dáta, databáza, NGS, RNA
Tovar, Služba
1. 1. Softvér na terciárnu analýzu dát získaných z NGS – 1 kus (minimálne požiadavky)
|
|
---|---|
Funkcia |
1. Licencia na 1 rok od jej nadobudnutia. |
2. Softvér určený na analýzu 100 vzoriek cielených génových panelov od 51 do 150 génov. |
3. Softvér určený na analýzu 100 vzoriek cielených génových panelov od 301 do 600 génov. |
4. Určený na spracovanie, prioritizáciu a spracovanie nálezu klinicky relevantných variantov spojených so solídnymi nádormi. |
5. Softvér pre takýto typ analýz využívaný v akreditovaných špecializovaných laboratóriách. |
6. Umožňujúci nahratie dát o vzorkách zo všetkých bežných predajných formátov, predovšetkým využitie formátu .vcf. |
7. Prístup k dátam zo zákazníkovho počítača prostredníctvom hesla a zabezpečenia účtu. |
8. Integrované klinické riešenie na podporu rozhodovania získaných dát zo sekvenovania novej generácie NGS. |
9. Plne konfigurovateľná klasifikácia variantov založená na odborných celosvetovo využívaných odporučeniach American College of Medical Genetics (ACMG) a Associaton for Molecular Pathology (AMP), ktoré sú zamerané na klinické štúdie a na varianty, pre ktoré už existujú odporučené terapeutické postupy. |
10. Realizácia analýz na bezpečných serveroch výrobcu. |
11. Šifrovanie dát počas prenosu aj v pokoji minimálne 250 bitmi. |
12. Zdieľanie dát vrátane doručenia záverečnej správy kontrolované koncovým používateľom. |
13. Uchovávanie dát až do ich vymazania koncovým používateľom. |
14. Aktualizovanie minimálne raz týždenne bez zásahu užívateľa. |
15. Kombinácia analytických nástrojov a integrovaného obsahu za účelom pomoci výskumníkom rýchlejšie identifikovať krátky zoznam jednoznačných variantov pochádzajúcich z ľudských resekvenačných dát pomocou vybraných kritérií založených na publikovaných biologických dôkazoch a na znalostiach biológie ochorení. |
16. Možnosť interpretovať a reportovať NGS varianty v kontexte relevantných biomedicínskych nálezov z databázy poznatkov. |
17. Možnosť prispôsobenia pravidiel klasifikácie pre nakonfigurovaný testovaný produkt vrátane pridania, odstránenia alebo reprioritizácie konkrétnych pravidiel. |
18. Kvalitne štruktúrovaný obsah databázy poznatkov (knowledge base) so širokými biologickými a chemickými poznatkami, presnosťou a štruktúrou obsahu pre vzťahy a výpočty vychádzajúce z ontológie, ktoré obsahujú kontextové detaily, odkaz na pôvodný článok, spravovanie označovania liekov, počtov klinických prípadov a klinických štúdií a nálezov asociovaných s ľudským fenotypom. |
19. Súvislosti v databáze poznatkov vychádzajú z hlásených experimentálnych skutočností pochádzajúcich z primárnych zdrojov literatúry vrátane recenzovaných článkov v časopisoch, prehľadových článkov a učebníc. |
20. Databáza poznatkov s informáciami o minimálne 18000 génoch a minimálne 1 milióne klinicky relevantných variantoch, minimálne 21 miliónov nálezov. |
21. Prístup ku všetkým bežným najvyužívanejším verejným a bezodplatne dostupným úložiskám dát ako sú 1000 Genomes, Complete Genomics, Exome Server Project, TCGA, ExAC, gnomAD. |
22. Výpočet alelových frekvencií z databázy komunity pre alelové frekvencie pre databázu poznatkov. |
23. Profesionálna úroveň databázy pre alelové frekvencie a databázy mutácií ľudského genómu. |
24. Softvér so schopnosťou vytvárania lokálnej databázy nálezov pre interpretáciu údajov next-generation sequencing (NGS), s odborným a rýchlym spracovaním dát z klinických štúdií s možnosťou včasného a relevantného použitia farmakogenetických výsledkov. |
25. Obsahuje genomickú štatistiku minimálne 1 milión ľudských vzoriek. |
Technické vlastnosti |
Jed |
Mi |
Ma |
Pres |
Softvér na terciárnu analýzu dát získaných z NGS – licencia na 1 rok od nadobudnutia | kus | 1 |
2. Softvér na analýzu molekulových signálnych dráh a ich asociácie s ochoreniami - 1 kus (minimálne požiadavky)
|
|
---|---|
Funkcia |
1. Jedna licencia na 1 rok pre 1 užívateľa. |
2. Webová softvérová aplikácia typu všetko v jednom. |
3. Umožňuje výskumníkom analyzovať, integrovať a porozumieť dátam pochádzajúcim z génovej expresie, mikroRNA a SNP mikročipov; fosfoproteomických, metabolomických, proteomických a RNA sekvenačných experimentov a experimentov malého rozsahu, ktoré generujú génové a chemické zoznamy. |
4. Umožňuje hľadať cieľové informácie o génoch, proteínoch, chemikáliách a liekoch a vytvoriť interaktívny model svojho experimentálneho systému. |
5. Dátové analýzy a vyhľadávacie schopnosti softvéru pomáhajúce porozumieť významu dát, konkrétneho cieľa alebo možného biomarkera v kontexte väčších biologických alebo chemických systémov. |
6. Možnosť analýzy signálnych dráh za účelom odhalenia súvislostí z experimentálnych dát rýchlym identifikovaním vzťahov, mechanizmov, funkcií a dráh, ktoré majú význam v danej súvislosti. |
7. Využívanie prediktívnej kauzálnej analytiky na komplexnejší regulačný obraz a lepšie pochopenie biológie vychádzajúcej zo štúdia génovej expresie. |
8. Analýza dát z NGS/RNA sekvenačných dát na lepšie pochopenie izoformovo-špecifickej biológie z RNA sekvenačných experimentov. |
9. Softvér aplikovateľný na rôzne výskumné ciele základného a translačného výskumu, objavovanie nových biomarkrerov, pochopením úlohy pri chorobách, vo viacerých terapeutických oblastiach, v onkológii a iných oblastiach medicíny, vrátane pochopenia mechanizmov rôznej reakcie na lieky. |
10. Možnosť cieleného prehľadávania vedeckej literatúry a nájdenia najrelevantnejších súvislostí na experimentálnu otázku a vytvárania dynamických, interaktívnych dráh pre lepšie pochopenie skúmaných systémov. |
11. Možnosť využitia na rôzne výskumné ciele, vo viacerých terapeutických oblastiach a s rôznymi typmi dát ako RNA-seq, mikročipy, microRNA, Mrna, qPCR, proteomika, genotypizácia z rôznych komerčných platforiem. |
12. Rýchle analyzovanie génovej expresie, SNP mikročipov, fosfoproteomiky a ďalších omických setov dát na pochopenie podstaty dát |
13. Možnosť využívania dynamických správ, emailov a pracovných priestorov pre zdieľanie a spoluprácu s kolegami. |
14. Priame prepojenie aplikácií, dokumentov a správ s biologickým a chemickým obsahom, či už interných alebo z tretích strán s analytickými schopnosťami softvéru. |
Technické vlastnosti |
Jed |
Mi |
Ma |
Pres |
Softvér na analýzu molekulových signálnych dráh a ich asociácie s ochoreniami – licencia na 1 rok od nadobudnutia | kus | 1 |
Názov |
1. Dodávateľ pri predložení Vlastného návrhu plnenia musí byť na výzvu objednávateľa schopný prostredníctvom ním predložených dokumentov preukázať splnenie zadefinovanej technickej špecifikácie, splnenie požadovanej kompatibility a požiadaviek na úžitkové, prevádzkové a funkčné charakteristiky. |
2. Zmluvná cena zahŕňa všetky náklady spojené s dodaním predmetu Zmluvy. |
3. Objednávateľ požaduje dodať licencie na softvéry podľa Funkčnej a Technickej špecifikácie. |
4. Dodávateľovi nevznikne nárok na úhradu akýchkoľvek dodatočných nákladov, ktoré si nezapočítal do ceny predmetu zákazky. Všetky ceny predložené Dodávateľom sú konečné, zohľadňujú primerané, preukázateľné náklady a primeraný zisk. |
5. Službu doručiť elektronicky. E-mailová adresa bude poskytnutá kontaktnou osobou objednávateľa. |
6. Predmet zákazky v celom rozsahu je opísaný tak, aby bol presne a zrozumiteľne špecifikovaný. Ponúkané licencie na softvéry musia spĺňať zadefinovanú Technickú a Funkčnú špecifikáciu; |
V prípade, že v špecifikácii môže súhrn niektorých z uvedených parametrov identifikovať konkrétny produkt, resp. konkrétneho výrobcu, verejný obstarávateľ umožňuje predložiť v ponuke ekvivalent pod podmienkou, že tento produkt bude spĺňať požiadavky na úžitkové, prevádzkové a funkčné charakteristiky, ktoré sú nevyhnutné na zabezpečenie účelu, na ktorý je produkt určený a spĺňa požadovanú kompatibilitu. Dôkazné bremeno identifikácie produktu konkrétneho výrobcu a splnenie úžitkovej, prevádzkovej a funkčnej charakteristiky je na strane Dodávateľa. |
7. Objednávateľ si vyhradzuje právo v prípade potreby vyžiadať od Dodávateľa technickú špecifikáciu (dokumentáciu) ponúkaných služieb, za účelom posúdenia, či softvér, na ktorý sa licencia poskytuje, je v zhode so zmluvnými požiadavkami Objednávateľa. Dodávateľ je v tomto prípade povinný predložiť tieto dokumenty do 3 pracovných dní odo dňa vyžiadania Objednávateľom. |
8. Objednávateľ je oprávnený neodobrať predmet Zmluvy, ktorý nebude v požadovanej kvalite podľa Funkčnej a Technickej špecifikácie predmetu Zmluvy alebo nebude v súlade s predloženou požadovanou dokumentáciou. |
9. Požaduje sa predložiť zoznam poskytnutých služieb (licencií k softvérom) s jednotkovými cenami pre jednotlivé položky do 7 dní od uzatvorenia Zmluvy, v prípade ekvivalentu uviesť v zozname konkrétny názov. |
10. V prípade, že sa preukáže, že služba či jej kvalita nezodpovedajú predmetu plnenia Zmluvy, ku ktorému sa predávajúca strana zaviazala, Dodávateľ zabezpečí dodanie správnej služby, zodpovedajúcej kvality. |
11. Nedodržanie ktorejkoľvek požiadavky na Technické vlastnosti a Zmluvnej požiadavky Objednávateľa sa bude považovať za porušenie povinnosti Dodávateľa podstatným spôsobom a môže mať za následok odstúpenie od Zmluvy. |
12. Dodávateľ potvrdzuje, že sa pred uzavretím tejto Zmluvy riadne oboznámil s Funkčnou a Technickou špecifikáciou predmetu zákazky, Osobitnými požiadavkami na plnenie predmetu zákazky, Zmluvnými a platobnými podmienkami. |
13. Dodávateľ do 2 pracovných dní po uzatvorení Zmluvy oznámi Objednávateľovi kontakt na osobu, zodpovednú za plnenie predmetu zákazky. |
14. Objednávateľ určí začiatok plnenia Zmluvy podľa výskumných potrieb e-mailom najneskôr však do 01.05.2022. |
15. Dodávateľ poskytne službu do 5 pracovných dní od e-mailového vyjadrenia potreby zo strany Objednávateľa. |
16. Zmluvné a platobné podmienky: Objednávateľ (prijímateľ) uplatňuje odkladaciu podmienku nadobudnutia účinnosti Zmluvy, uzavretej s úspešným uchádzačom. Zmluva nadobudne účinnosť po splnení nasledovných podmienok: a) zverejnenie zmluvy v súlade s § 47a ods. 1 Občianskeho zákonníka a b) na predmet zákazky, výsledkom ktorej je uzavretie Zmluvy bude vydaná správa z kontroly v štandardnej ex post kontrole, výsledkom ktorej bude pripustenie výdavkov na financovanie. O tejto skutočnosti bude objednávateľ bezodkladne dodávateľa informovať a to písomne, prostredníctvom emailovej správy. |
17. Zmluvné strany berú na vedomie a rešpektujú, že Zákazka financovaná z EŠIF, ohľadom ktorej sa uzatvára Zmluva, bude predmetom kontroly verejného obstarávania realizovaného cez elektronické trhovisko zo strany príslušného oprávneného orgánu. Ak výsledok predmetnej kontroly nebude kladný, alebo oprávnené orgány odhalia akúkoľvek nezrovnalosť, je ktorákoľvek zo zmluvných strán oprávnená od Zmluvy odstúpiť. |
18. Dodávateľ sa zaväzuje strpieť výkon kontroly/auditu súvisiaceho s dodávkou Služieb, kedykoľvek počas platnosti a účinnosti príslušnej Zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku uzavretej Objednávateľom ako prijímateľom nenávratného finančného príspevku za účelom financovania predmetných Služieb, a to zo strany oprávnených osôb na výkon kontroly/auditu v zmysle príslušných právnych predpisov SR a EÚ, najmä zákona č. 528/2008 Z.z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov Európskej únie v znení neskorších predpisov; |
zákona č. 292/2014 Z.z. o príspevku poskytovanom z európskych štrukturálnych a investičných fondov a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení 39 neskorších predpisov a zákona č. 357/2015 Z.z. o finančnej kontrole a audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov a príslušnej Zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku a jej príloh vrátane Všeobecných zmluvných podmienok pre také zmluvy a poskytnúť týmto orgánom riadne a včas všetku potrebnú súčinnosť. Porušenie tejto povinnosti Dodávateľa je podstatným porušením Zmluvy, ktoré oprávňuje Objednávateľa od Zmluvy odstúpiť; |
O uvedenej skutočnosti prijímateľ upovedomí úspešného uchádzača bezodkladne a to písomne, formou e-mailovej správy. |
19. Fakturačné údaje objednávateľa budú poskytnuté Dodávateľovi bezodkladne po nadobudnutí účinnosti Zmluvy. |
20. Objednávateľ oznámi bezodkladne po uzatvorení zmluvy Dodávateľovi názov projektu, v rámci ktorého predmet zmluvy obstaráva. Tento názov projektu je Dodávateľ povinný uviesť na faktúre. |
21. Splatnosť faktúry je 60 dní odo dňa doručenia Objednávateľovi. |
22. Poskytnutie služby bude realizované na základe výskumných potrieb Objednávateľa. |
23. Fakturácia v slovenskom alebo českom jazyku. |
24. Originál zaslanej faktúry musí obsahovať potvrdený dodací list o poskytnutí služby. |
25. Dodací list požadujeme vystaviť s uvedením jednotlivých položiek. |
26. Požadujeme uvádzať na faktúre za službu jednotkové ceny vrátane DPH. |
27. Úhrada plnenia bude uskutočnená po kompletnom poskytnutí objednaných služieb na základe doručenej faktúry prostredníctvom bezhotovostného platobného styku. |
28. Objednávateľ si vyhradzuje právo vrátiť faktúru, ak táto nespĺňa náležitosti daňového dokladu. |
29. Preddavok sa neposkytuje. |
Univerzita Komenského v Bratislave, Jesseniova lekárska fakulta v Martine, Malá Hora 4A, 036 01 Martin, Martin, Martin, Žilinský, Slovenská republika
17.01.2022 08:00 — 29.04.2022 14:00
1,00 kompletný predmet zákazky
35 118,83
35 118,83
Vlastný návrh plnenia predložený Dodávateľom musí obsahovať uvedenie výrobcu, názvu a typu služieb tvoriacich ponuku v súlade s Funkčnou a Technickou špecifikáciou.
Názov | Merná jednotka | Výhodnejšia hodnota | Váha |
---|---|---|---|
Cena bez DPH | € | Menšia | 100 |
20.12.2021 09:34
11.01.2022 14:00
11.01.2022 14:15
20 min.
2 min.
Dátum predloženia | Hodnota | MJ | Kritérium |
---|---|---|---|
10.01.2022 15:38 - Vstupná ponuka | 35 118,00 | € | Cena bez DPH |
10.01.2022 18:23 - Najvýhodnejšia ponuka | 35 115,00 | € | Cena bez DPH |
Vážený používateľ,
v súvislosti s povinnosťou elektronizácie verejného obstarávania od 18.10.2018 a zároveň s cieľom vylepšenia používateľského komfortu sme pre vás pripravili novú verziu systému EKS, ktorá so sebou prináša: