00397865
Univerzita Komenského v Bratislave
Šafárikovo nám. 6, Bratislava, 81499, SVK
48174068
VIAGENE s.r.o.
Slnečná 91, Bobrov, 02942, SVK
Sekvenácia cielených úsekov DNA na onkologické ochorenia
onkogény, nádorové ochorenia, sekvenácia
Tovar, Služba
|
1. Sekvenácia cielených úsekov DNA na onkologické ochorenia
|
|
|---|---|
| Funkcia |
| 1. NGS servis zahŕňa CE-IVD bioinformatickú analýzu sekvencií 111 génov, ktoré sú spojené s rôznymi formami dedičných onkologických ochorení ako sú rakovina prsníkov, rakovina vaječníkov, rakovina čriev, familiárna adenomatózna polypóza, hamartomatózna polypóza, juvenilná polypóza, Peutzov-Jeghersov syndróm, Cowdenov syndróm, Bannayan-Riley-Ruvalcaba syndróm, Fanconiho anémia a rakovina endokrinných tkanív použitím Onco-GeneSGKit s certifikátom CE-IVD, ISO13485 a AENOR pod reg. číslom GS-0001/2015 a sekvenčnej technológie Illumina. |
| 2. Výsledky analýz jednotlivých vzoriek DNA poskytujú minimálne pokrytie cieľových génov 200x, pričom vylučujú čítanie mimo cieľových génov tzv. „off targets“ a čítanie zodpovedajúce duplicitám PCR, ktoré by mohli zvýšiť počet falošne pozitívnych výsledkov. Minimálne 98% zo 111 cieľových génov je pokrytých najmenej 20x. Sondy použité pri hybridizácii majú dĺžku 120nt, čím je garantovaná vysoko špecifická hybridizácia počas NGS analýzy. |
| 3. Zoznam génov obsiahnutých v NGS analýze vzoriek: ACD,AIP,APC,ATM,ATR,AXIN2,BAP1,BARD1,BLM,BMPR1A,BRCA1,BRCA2,BRIP1,BUB1,CDH1,CDK4,CDKN1B,CDKN2A,CHEK2,DDB2,DICER1,DIS3L2,DKC1,ELANE,EPAS1,EPCAM,ERCC1,ERCC2,ERCC3,ERCC4,ERCC5,ERCC6,FANCA,FANCB,FANCC,FANCD2,FANCE,FANCF,FANCG,FANCI,FANCL,FANCM,FH,FLCN,G6PC3,GFI1,GREM1,HOXB13,JAGN1,KIF1B,KIT,MAX,MDH2,MEN1,MET,MITF,MLH1,MNX1,MSH2,MSH6,MSR1,MUTYH,NBN,NF2,NFIX,NHP2,NOP10,NSD1,NTHL1,PALB2,PARN,PDGFRA,PMS1,POLD1,POLE; |
| POLH,POT1,PRKAR1A,PTCH1,PTEN,RAD50,RAD51,RAD51C,RAD51D,RB1,RECQL,RECQL4,RET,RTEL1,SCG5,SLX4SMAD4,SMARCA4,STK11,SUFU,TERC,TERT,TINF2,TMEM127,TP53,TSC1, TSC2, UBE2T, VHL, VPS45, WAS, WRN, WT1, XPA, XPC, XRCC2; |
| 4. V NGS CE-IVD službe je minimálne zahrnuté:1. Doprava vzoriek do laboratória podľa medzinárodných kritérií pri preprave ľudských vzoriek a všetky poplatky spojené s ich manipuláciou2. Kontrolu kvality vzoriek DNA.3. Prípravu knižnice.4. Zachytenie požadovaných oblastí záujmu (111 génov) hybridizáciou pomocou certifikovaného kitu CE-IVD Onco-GeneSGKit.5. Generovanie klastra a sekvencií v HiSeq2500 tzv. „pair-ends“ stratégiou 2x100.6. Bioinformatickú analýzu vychádzajúcu z aktuálnej verzie genómu Hg38, ktorá zahŕňa: |
| 5. Kontrolu kvality vygenerovaných údajov na identifikáciu odchýlok počas procesu sekvenovania, ktoré môžu interferovať s identifikáciou variantov vo vzorkách. |
| 6. Zoskupenie čítania vo vzťahu k najnovšej verzii referenčného ľudského genómu Hg38. |
| 7. Analýzu citlivosti a špecificity pre jednotlivé vzorky DNA. |
| 8. Identifikáciu variantov použitím kombinácie najmodernejších algoritmov pri hľadaní sporadických variantov a malých indelov. |
| 9. Vysvetlenie identifikovaných variantov pomocou najrelevantnejších verejných databáz ako sú Ensemble, 1000Genomes, HGMD, dbSNP, RefSeq, InterPro, Prosite, Cosmic, HapMap, OMIM, ClinVar a ExAC. |
| 10. Predikciu dôsledkov jednotlivých variantov detegovaných na úrovni transkripcie a proteínu. |
| 11. Prístup k GeneSystems© platforme , ktorá je CE-IVD, poskytuje zoskupené ako aj raw údaje, a ktorá umožňuje prepojenie na najnovšie verejné a súkromné databázy pre interpretáciu variantov, konkrétne Ensemble, 1000Genomes, HGMD, dbSNP, RefSeq, InterPro, Prosite, Cosmic, HapMap, OMIM, ClinVar a ExAC. V rámci platformy sú dostupné aj informácie o stupni ochrany, patogénnosti prediktorov „in silico“ a sprievodných regiónoch. Všetky údaje na GeneSystems© platforme sú z dôvodu ochrany údajov šifrované. |
| Technické vlastnosti |
Jed |
Mi |
Ma |
Pres |
| Služba sekvenácie | Set vzoriek testov | Počet testov 5 |
| Názov |
| Vrátane dopravy na miesto plnenia |
| Doručenie spracovaných analýz do 21 dní od prijatia vzoriek do laboratória. |
| Objednávateľ pripúšťa ekvivalent v prípade preukázania, že sa jedná o plnohodnotný ekvivalent pre identické použitie v zmysle funkčnej špecifikácie a obvyklej praxe použitia špecifikovanej služby, požadovanej kompatibility a to bez potreby ďalších vyvolaných nákladov odberateľa. |
| Požaduje sa predložiť vlastný návrh na plnenie predmetne služby spolu s technickou špecifikáciou do 5 pracovných dní od uzatvorenia zmluvy. |
| Predložená technická špecifikácia musí byť minimálne v takom rozsahu, aby bolo možné posúdiť či je predmet plnenia, ktorý chce dodávateľ dodať, v zhode so zmluvnými požiadavkami objednávateľa. |
| Nedodržanie ktorejkoľvek podmienky a požiadavky objednávateľa uvedenej v Opisnom formulári sa bude považovať za podstatné porušenie zmluvných podmienok. |
| Fakturácia bude v slovenskom jazyku (prílohou je dodací list). Splatnosť faktúry je 30 dní od jej predloženia a odsúhlasenia objednávateľom. |
| Preddavok sa neposkytuje. Predmet zákazky bude uhrádzaný bezhotovostným prevodom na základe faktúry. |
| Navrhovaná cena musí zahŕňať všetky náklady spojené s poskytnutím služby. |
| Objednávateľ požaduje kompletne pokrytú službu. |
JLF UK, BIOMED, Divízia Onkológia, Malá hora 11161/4C, 03601 Martin, Martin, Martin, Žilinský, Slovenská republika
28.11.2018 09:00 — 14.12.2018 14:00
1,00 Kompletný predmet zákazky
2 833,00
| Názov | Merná jednotka | Výhodnejšia hodnota | Váha |
|---|---|---|---|
| Cena bez DPH | € | Menšia | 100 |
19.11.2018 10:33
22.11.2018 10:35
22.11.2018 10:50
20 min.
2 min.
| Dátum predloženia | Hodnota | MJ | Kritérium |
|---|---|---|---|
| 19.11.2018 11:01 - Vstupná ponuka | 2 833,00 | € | Cena bez DPH |
| 19.11.2018 11:01 - Najvýhodnejšia ponuka | 2 833,00 | € | Cena bez DPH |
Elektronizácia verejného obstarávaniaVážený používateľ,
v súvislosti s povinnosťou elektronizácie verejného obstarávania od 18.10.2018 a zároveň s cieľom vylepšenia používateľského komfortu sme pre vás pripravili novú verziu systému EKS, ktorá so sebou prináša: