00397865
Univerzita Komenského v Bratislave
Šafárikovo nám. 6, Bratislava, 81499, SVK
48174068
VIAGENE s.r.o.
Slnečná 91, Bobrov, 02942, SVK
Sekvenácia novej generácie cielené na heriditárne onkologické ochorenia
gény, onkologické ochorenia, NGS
Tovar, Služba
1. Sekvenácia novej generácie cielené na heriditárne onkologické ochorenia
|
|
---|---|
Funkcia |
1. NGS servis zahŕňa CE-IVD bioinformatickú analýzu sekvencií 111 génov, ktoré sú spojené s rôznymi formami dedičných onkologických ochorení ako sú rakovina prsníkov, rakovina vaječníkov, rakovina čriev, familiárna adenomatózna polypóza, hamartomatózna polypóza, juvenilná polypóza, Peutzov-Jeghersov syndróm, Cowdenov syndróm, Bannayan-Riley-Ruvalcaba syndróm, Fanconiho anémia a rakovina endokrinných tkanív použitím Onco-GeneSGKit s certifikátom CE-IVD, ISO13485 a AENOR pod reg. číslom GS-0001/2015 a sekvenčnej technológie Illumina. |
2. Výsledky analýz jednotlivých vzoriek DNA poskytujú minimálne pokrytie cieľových génov 200x, pričom vylučujú čítanie mimo cieľových génov tzv. „off targets“ a čítanie zodpovedajúce duplicitám PCR, ktoré by mohli zvýšiť počet falošne pozitívnych výsledkov. Minimálne 98% zo 111 cieľových génov je pokrytých najmenej 20x. Sondy použité pri hybridizácii majú dĺžku 120nt, čím je garantovaná vysoko špecifická hybridizácia počas NGS analýzy. |
3. Zoznam génov obsiahnutých v NGS analýze vzoriek: ACD,AIP,APC,ATM,ATR,AXIN2,BAP1,BARD1,BLM,BMPR1A,BRCA1,BRCA2,BRIP1,BUB1,CDH1,CDK4,CDKN1B,CDKN2A,CHEK2,DDB2,DICER1,DIS3L2,DKC1,ELANE,EPAS1,EPCAM,ERCC1,ERCC2,ERCC3,ERCC4,ERCC5,ERCC6,FANCA,FANCB,FANCC,FANCD2,FANCE,FANCF,FANCG,FANCI,FANCL,FANCM,FH,FLCN,G6PC3,GFI1,GREM1,HOXB13,JAGN1,KIF1B,KIT,MAX,MDH2,MEN1,MET,MITF,MLH1,MNX1,MSH2,MSH6,MSR1,MUTYH,NBN,NF2,NFIX,NHP2,NOP10,NSD1,NTHL1,PALB2,PARN,PDGFRA,PMS1,POLD1,POLE,POLH,POT1,PRKAR1A,PTCH1,PTEN,RAD50,RAD51,RAD51C,RAD51D,RB1,RECQL,RECQL4,RET,RTEL1; |
SCG5,SLX4SMAD4,SMARCA4,STK11,SUFU,TERC,TERT,TINF2,TMEM127,TP53,TSC1, TSC2, UBE2T, VHL, VPS45, WAS, WRN, WT1, XPA, XPC, XRCC2. |
4. V NGS CE-IVD službe je minimálne zahrnuté: 1. Doprava vzoriek do laboratória podľa medzinárodných kritérií pri preprave ľudských vzoriek a všetky poplatky spojené s ich manipuláciou 2. Kontrolu kvality vzoriek DNA. 3. Prípravu knižnice. 4. Zachytenie požadovaných oblastí záujmu (111 génov) hybridizáciou pomocou certifikovaného kitu CE-IVD Onco-GeneSGKit. 5. Generovanie klastra a sekvencií v HiSeq2500 tzv. „pair-ends“ stratégiou 2x100. 6. Bioinformatickú analýzu vychádzajúcu z aktuálnej verzie genómu Hg38, ktorá zahŕňa: |
5. Kontrolu kvality vygenerovaných údajov na identifikáciu odchýlok počas procesu sekvenovania, ktoré môžu interferovať s identifikáciou variantov vo vzorkách. |
6. Zoskupenie čítania vo vzťahu k najnovšej verzii referenčného ľudského genómu Hg38. |
7. Analýzu citlivosti a špecificity pre jednotlivé vzorky DNA. |
8. Identifikáciu variantov použitím kombinácie najmodernejších algoritmov pri hľadaní sporadických variantov a malých indelov. |
9. Vysvetlenie identifikovaných variantov pomocou najrelevantnejších verejných databáz ako sú Ensemble, 1000Genomes, HGMD, dbSNP, RefSeq, InterPro, Prosite, Cosmic, HapMap, OMIM, ClinVar a ExAC. |
10. Predikciu dôsledkov jednotlivých variantov detegovaných na úrovni transkripcie a proteínu. |
11. Prístup k GeneSystems© platforme , ktorá je CE-IVD, poskytuje zoskupené ako aj raw údaje, a ktorá umožňuje prepojenie na najnovšie verejné a súkromné databázy pre interpretáciu variantov, konkrétne Ensemble, 1000Genomes, HGMD, dbSNP, RefSeq, InterPro, Prosite, Cosmic, HapMap, OMIM, ClinVar a ExAC. V rámci platformy sú dostupné aj informácie o stupni ochrany, patogénnosti prediktorov „in silico“ a sprievodných regiónoch. Všetky údaje na GeneSystems© platforme sú z dôvodu ochrany údajov šifrované. |
Technické vlastnosti |
Jed |
Mi |
Ma |
Pres |
NGS služba | Počet testov 5 | Jeden set (prvý) |
Názov |
Vrátane dopravy na miesto plnenia |
Doručenie spracovaných analýz do 21 dní od prijatia vzoriek do laboratória. |
Objednávateľ pripúšťa ekvivalent v prípade preukázania, že sa jedná o plnohodnotný ekvivalent pre identické použitie v zmysle funkčnej špecifikácie a obvyklej praxe použitia špecifikovanej služby, požadovanej kompatibility a to bez potreby ďalších vyvolaných nákladov odberateľa. |
Požaduje sa predložiť vlastný návrh na plnenie predmetnej služby spolu s technickou špecifikáciou do 5 pracovných dní od uzatvorenia zmluvy. |
Predložená technická špecifikácia musí byť minimálne v takom rozsahu, aby bolo možné posúdiť či je predmet plnenia, ktorý chce dodávateľ dodať, v zhode so zmluvnými požiadavkami objednávateľa. |
Nedodržanie ktorejkoľvek podmienky a požiadavky objednávateľa uvedenej v Opisnom formulári sa bude považovať za podstatné porušenie zmluvných podmienok. |
Fakturácia bude v slovenskom jazyku (prílohou je dodací list). Splatnosť faktúry je 30 dní od jej predloženia a odsúhlasenia objednávateľom. |
Preddavok sa neposkytuje. |
Predmet zákazky bude uhrádzaný bezhotovostným prevodom na základe faktúry. |
Navrhovaná cena musí zahŕňať všetky náklady spojené s poskytnutím služby. |
Objednávateľ požaduje kompletne pokrytú službu. |
JLF UK, BIOMED, Divízia Onkológia, Malá hora 11161/4C, 03601 Martin, Martin, Martin, Žilinský, Slovenská republika
19.11.2018 10:00 — 07.12.2018 14:00
1,00 Kompletný predmet zákazky
2 833,00
Názov | Merná jednotka | Výhodnejšia hodnota | Váha |
---|---|---|---|
Cena bez DPH | € | Menšia | 100 |
08.11.2018 14:51
14.11.2018 09:00
14.11.2018 09:15
20 min.
2 min.
Dátum predloženia | Hodnota | MJ | Kritérium |
---|---|---|---|
08.11.2018 19:11 - Vstupná ponuka | 2 833,00 | € | Cena bez DPH |
08.11.2018 19:11 - Najvýhodnejšia ponuka | 2 833,00 | € | Cena bez DPH |
Vážený používateľ,
v súvislosti s povinnosťou elektronizácie verejného obstarávania od 18.10.2018 a zároveň s cieľom vylepšenia používateľského komfortu sme pre vás pripravili novú verziu systému EKS, ktorá so sebou prináša: