00165336
Národný onkologický ústav
Klenová 1, Bratislava, 83110, SVK
45341931
LifeTechnologies s.r.o.
Laurinská 18, Bratislava, 81101, SVK
NGS zostava (Next generation sequencing)
sekvenátor novej generácie, NGS, polovodičový sekvenátor, genetický analyzátor
Tovar, Služba
1. NGS polovodičový stolný sekvenátor
|
|
---|---|
Funkcia |
Vysokokapacintý stolný sekvenátor novej generácie Ion S5 ,pracujúci na princípe technológie polovodičovej detekcie s využitím polovodičových sekvenačných čipov |
Vhodný na cielené resekvenovanie génových panelov, de novo sekvenovanie, 16S a mikrobiálne sekvenovanie, metagenomiku, detekciu SNP a CNV, detekciu fúznych génov, RNA sekvenovanie, celo-exómové sekvenovanie, transkirptómové sekvenovanie, HLA typizáciu, cfDNA sekvenovanie a liquid biopsy |
Vstupný materiál vrátane nukleových kyselín izolovaných z tkanív, FFPE bločkov, krvi či plazmy už od 10ng s presnosťou detekcie báz >99% |
Systém neobsahuje žiadne optické súčiastky, nevyužíva fluorescenčnú detekciu ani žiadne nebezpečné či škodlívé chemikálie |
Na sekvenačnú reakciu systém využíva polovodičové sekvenačné čipy, ktoré umožnujú škálovateľnosť počtu vzoriek bez cenového navýšenia. Systém je kompatiblný so štyrmi druhmi čipov označenými Ion Chip 510/ 520/ 530/ 540 obsahujúcich reakčné mikrojamky o rôznych počtoch, ktoré definujú maximálnu kapacitu sekvenačnej reakcia v závislosti od aplikácie a použitého čipu |
Sekvenačná reakcia je založená na princípe masívne paralelného sekvenovania amplikónov |
Sekvenačné čítanie je založené na detekcii zmeny pH reakčného roztoku po pridaní nukleotidu ( SBS=sequencing by synthesis ) |
Systém na prevádzku využíva reagenčné kazety a sériu pedpripravených pufrov |
Systém je plne kompatibilný s automatizovanou technológiou tvorby amplikónových knižníc cieleného resekvenovania AmpliSeq |
Systém je plne kompatibilný s CE-IVD riešeniami a génovými panelmi výrobcu v oblasti molekulárnej patológie a BRCA testovania |
Zariadenie disponuje vstavaným počítačovým vybavením pre rýchlu analýzu nazbieraných sekvenačných dát |
Zariadenie generuje výstupné údaje vo formátoch BAM, vcf alebo FASTQ |
Technológia AmpliSeq umožnuje navrhovanie kompletných cielených panelov génov plne kompatibilných s automatickou prípravou sekvenačných knižníc |
Elektrické nároky systému : 230V /14.5 A , 1350W a 50/60Hz |
Systém je ovládaný prostredníctvom webového rozhrania alebo vstavaného dotykového displeja |
Konektivita systému pomocou LAN rozhrania |
Sekvenačné dáta sú ukladané na vstavnapom počítačovom úložisku |
Bioinformatická analýza môže prebiehat on-line alebo off-line formou a to pomocou vstavaného ovládacieho informatického vybavenia alebo s použití cloudového rozhrania výrobcu ( 10GB zdarma s možnosťou plateného navýšenia kapacity ) |
Celkový čas pracovného workflow vrátane automatickej prípravy knižníc a plnenia sekvenačného čipu (od DNA po sekvenačné dáta) je už od 19.5 hodiny závislosti na zvolenej aplikácii |
Technické vlastnosti |
Jed |
Mi |
Ma |
Pres |
dlžka čítaní v jednom smere | Bázové páry | 200 | 600 | |
počet čítaní na jeden sekvenačný beh | Milióny čítaní | 2 | 80 | |
výstup sekvenačného behu | Gigabázy | 0.3 | 15 | |
čas sekvenačného behu na jeden sekvenačný čip | Hodiny | 2.5 | 4 | |
čas analýzy nazbieraných dát | Hodiny | 2 | 17.5 | |
čas strávený obsluhou zariadenia | Minúty | 15 | ||
počet vzoriek analyzovaných v jednom sekvenačnom behu | Vzorka | 1 | 96 | |
citlivosť detekcie inkorporovaných báz | % | 99 |
Technické vlastnosti | Hodnota / charakteristika |
dlžka čítaní v jednom smere | priemerná dĺžka amplikónov čítaných v jednom smere v závislosti na zvolenej aplikácii je v škále 200bp-400bp-600bp |
počet čítaní na jeden sekvenačný beh | v závislosti na zvolenom čipe je počet sekvenačných Čitaní v jednom behu od 2-80 miliónov na kaŽdú bázu, ktorá sa počas sekvenačnej reakcie inkorporuje do reťazca |
výstup sekvenačného behu | výstupné dáta z jednotlivých sekvenačných čítaní su v závislosti an zvolenej aplikácii o celkovom objeme 0.3 až 15 Gigabáz ( maximálne teda 15 miliard osekvenovaných báz na jeden sekvenažný beh) |
čas sekvenačného behu na jeden sekvenačný čip | čas sekvenačného behu ( osekvenovanie jedného sekvenačného čipu s obsahom amplikónovej knižnice) je závislý od druhu zvolenej aplikácie,zvolenej dĺžky amplikónov a čipu je 2.5 až 4 hodiny |
čas analýzy nazbieraných dát | analýza dát po ukončení sekvenačného behu v závislosti od množstva výstupných dát a aplikácie trvá v rozmedzí od 2 do 17.5 hodiny |
čas strávený obsluhou zariadenia | vďaka systému predplnených reagenčných kaziet a pufrov technická obsluha systému a príprava na sekvenovanie vyžaduje mazimálne 15 minút obslužného času laboratórneho technika |
počet vzoriek analyzovaných v jednom sekvenačnom behu | systém umožnuje použitie oligonukleotidových značiek, tzv. barkódov a takto značené vzorky je možné sekvenovať podľa použitej aplikácie a čipu v škále 1 až 96 vzoriek na jeden beh |
citlivosť detekcie inkorporovaných báz | Presnosť citlivosti detekcie pri inkorporovaní jedného nukleotidu je viac ako 99% |
2. Plnoautomatický systém prípravy NGS knižníc a plnenia sekvenačných čipov
|
|
---|---|
Funkcia |
Prístroj Ion Chef plne kompatibilný s vysokokapacitným stolným sekvenátorom Ion S5 určený na plnoautomatickú prípravu amplikónových knižníc z DNA aj RNA a následné plnoautomatické spracovanie, vyčistenie a obohatenie knižníc pomocou metodiky emulznej PCR a plnenie sekvenačného čipu |
Prístroj obsahuje blok termocykléru, dve centrifugy,robotické rameno, snímacie zariadenie QR kódov, UV sterilizačné zariadenie pre udržanie čistého pracovného prostredia a centrifugačný bubon s nadstavcom pre účely plnenia sekvenačných čipov |
Konektivita prostredníctvom LAN pripojenia a ovládanie prostredníctvom vstavaného dotykového displeja a webového rozhrania |
Pracovný čas prípravy amplikónovej knižnice technológie AmpliSeq je maximálne 10 hodín (maximálne 8 vzoriek na jeden beh) |
Pracovný čas prípravy,vyčistenia a obohatenia sekvenačnej reakcie a plnenia sekvenačného čipu je maximálne 7.5 hodiny |
Celkový obslužný čas potrebný na prípravu systému na pracovný cyklus nepresahuje spolu 45 minút práce obslužného laboratórneho technika |
Elektrické nároky : 230V/14A , 1350W, 50/60Hz |
3. Kapilárny genetický analyzátor pre účely overovania výsledkov NGS analýz
|
|
---|---|
Funkcia |
Stolný kapilárny genetický analyzátor Applied Biosystems SeqStudio pracujúci metódou kapilárnej elektroforézy podľa Sangera potrebný pre validáciu diskrepantných výsledkov zo sekvenovania pomocou NGS |
Systém využíva na prácu reagenčnú kazetu , v ktorej je zabudovaná separačná, vnútorne nepotiahnutá zostava 4 kapilár o dĺžke 22cm, sekvenačný pufor a separačný univerzálny polymér POP-1 vhodný pre sekvenačné reakcie aj fragmentovú analýzu v jednom behu bez nutnosti rekalibrácie s vysokou životnosťou až 4 mesiace bez nutnosti výmeny a s maximálnou kapacitou 4x125 vzoriek, ktorá umožnuje sekvenačnú reakciu v čase od 30 minút pri 350bp dlhých úsekoch a fragmentovú analýzu od 25 minút pri použití metódy SNaP shot |
Detekcia sekvenovaných oblastí je založena na snímaní fluorescencie značených nukleotidov pomocou optického systému, ktorý je zložený y excitačného laseru a snímacieho CCD čipu, pre účely fragmentovej analýzy je možné použiť značené primery |
Prístroj umožnuje použitie až 6 fluorochromov pre potreby značenia pri fragmentovenj analýze |
Systém umožnuje sekvenovanie aj fragmentovú analýzu v rovnakej sérii vzoriek s kapacitou až 96 vzoriek v jednej analýze pri použití 96 jamkových platničiek alebo stripov skúmaviek po 8, rovnako aj použitie rôznych aplikácií v rámci jednej série vzoriek |
Zariadenie je plne kompatibilné so sekvenovaním krátkych aj dlhých fragmentov s pozužitím sekvenačných kitov výrobcu BigDye Terminator v1.1 aj 3.1 |
Systém je ovládateľný pomocou dotykového displeja alebo ovládacieho počítača vo verzii desktop alebo laptop, ktorý je súčasťou dodávky, s kompletnou softvérovou výbavou pre potreby hodnotenia získaných dát pri sekvenovaní alebo fragmentovej analýze vo verzii off-line alebo s pomocou použitia internetového cloudového prostredia ktoré umožnuje aj zdielanie výsledkov medzi pracoviskami |
Systém je pripojiteľný pomocou sieťových rozhraní LAN, USB a Wi-Fi |
Elektrické nároky : 230V/15A , 371W , 50/60Hz |
Názov |
Cena je vrátane dopravy na miesto plnenia, balenia, naskladnenia a vyloženia na miesto plnenia. Dodávateľ dopraví tovar na vlastné náklady na objednávateľom určené miesto dodania. |
Vrátane inštalácie, uvedenia do prevádzky a zaškolenia osôb do údržby a prevádzky predmetu plnenia na mieste plnenia. |
Dodávateľ predloží elektronicky do 3 pracovných dní od účinnosti Zmluvy: podrobný rozpis položiek tovaru v zložení: názov, typové označenie, špecifikácia, doplnené o JC bez DPH, DPH, JC s DPH, cena celkom bez DPH, s DPH. |
Požaduje sa predložiť funkčná a technická špecifikácia, vrátane technických listov preukazujúcich splnenie minimálnych požadovaných parametrov predmetu zákazky s uvedením presných názvov (obchodných značiek) nacenených výrobkov do 3 pracovných dní od účinnosti Zmluvy. |
Dodávateľ predloží elektronicky do 3 pracovných dní od účinnosti Zmluvy : certifikát výrobku alebo vyhlásenie o zhode. Certifikát musí byť preložený v slovenskom prípadne českom jazyku, úradne overený doklad nepožadujeme. |
Pokiaľ objednávateľ nepotvrdí schválenie požadovaného rozpisu, nebude možné dôjsť k plneniu zmluvy. Rozpis položiek tovaru je potrebné zachovať v poradí, v ktorom je vystavený objednávkový formulár. |
Požaduje sa predložiť dodací a záručný list k predmetu plnenia. Požaduje sa záručná doba 24 mesiacov. Požaduje sa zabezpečenie záručného servisu. |
Predmet plnenia musí byť dodaný nový - nepoužívaný. |
Pred dodaním tovaru je potrebné kontaktovať 3 dní vopred osobu uvedenú v kúpnej zmluve, ktorá zabezpečí proces preberania. |
Predmet plnenia bude dodaný na základe objednávky v celom objeme a v termíne určenom objednávateľom. |
Nedodržanie ktorejkoľvek podmienky a požiadavky objednávateľa uvedenej v opisnom formulári sa bude považovať za podstatné porušenie zmluvných podmienok. |
Objednávateľ je oprávnený pri dodávke skontrolovať predmet zákazky a v prípade dodávky iného tovaru tento tovar neprevziať. |
Nesplnenie ktorejkoľvek osobitnej požiadavky na plnenie bude objednávateľ považovať za nesplnenie technických a iných predpokladov pre riadne plnenie predmetu zákazky a za podstatné porušenie zmluvných povinností dodávateľa, pričom objednávateľ: |
1. ukončí s dodávateľom zmluvný vzťah v súlade s článkom 18.2 písm. a) OPET z dôvodu, že dodávateľ porušil svoju povinnosť podľa Zmluvy alebo týchto VZP podstatným spôsobom, |
2. vystaví dodávateľovi negatívnu referenciu v EKS. |
V prípade ak kontraktačnú ponuku predkladá dodávateľ z iného členského štátu EÚ, predkladá ju vrátane DPH v príslušnej výške %, pričom fakturácia zo strany dodávateľa bude v takomto prípade bez DPH a DPH zaplatí objednávateľ v príslušnej výške % do št. rozpočtu na Slovensku cez príslušný daňový úrad. |
Dodávateľ môže postúpiť akékoľvek práva a povinnosti z tejto dohody vrátane postúpenia pohľadávky vzniknutej podľa tejto RD alebo s ňou súvisiacej na tretie osoby len s predchádzajúcim písomným súhlasom objednávateľa. Ak dodávateľ postúpi akékoľvek práva a povinnosti z tejto RD vrátane postúpenia pohľadávky vzniknutej podľa tejto RD alebo s ňou súvisiacej na tretie osoby bez predchádzajúceho písomného súhlasu objednávateľa, takéto postúpenie sa považuje za neplatné. Udelenie písomného súhlasu objednávateľa podlieha predchádzajúcemu písomnému schváleniu Zriaďovateľa. |
Verejný obstarávateľ si vyhradzuje právo odstúpiť od zmluvy, ak proces VO nebude akceptovaný zo strany poskytovateľa finančných prostriedkov, resp. ak mu nebudú pridelené prostriedky zo strany poskytovateľa. |
Klenová 1, Bratislava - mestská časť Nové Mesto, Bratislava III, Bratislavský, Slovenská republika
12.04.2018 00:00 — 12.04.2018 00:00
1,00 ks
158 000,00
Názov | Merná jednotka | Výhodnejšia hodnota | Váha |
---|---|---|---|
Cena bez DPH | € | Menšia | 100 |
06.03.2018 12:06
12.03.2018 08:00
12.03.2018 08:15
20 min.
2 min.
Dátum predloženia | Hodnota | MJ | Kritérium |
---|---|---|---|
06.03.2018 14:09 - Vstupná ponuka | 158 000,00 | € | Cena bez DPH |
06.03.2018 14:31 - Najvýhodnejšia ponuka | 157 999,84 | € | Cena bez DPH |
Vážený používateľ,
v súvislosti s povinnosťou elektronizácie verejného obstarávania od 18.10.2018 a zároveň s cieľom vylepšenia používateľského komfortu sme pre vás pripravili novú verziu systému EKS, ktorá so sebou prináša: